Các nhóm ancaloit hiện nay bao gồm:

• Nhóm pyridin: piperin, coniin, trigonellin, arecaidin, guvacin, pilocarpin, cytisin, spartein, pelletierin.
• Nhóm pyrrolidin: hygrin, cuscohygrin, nicotin
• Nhóm tropan: atropin, cocain, ecgonin, scopolamin
• Nhóm quinolin: quinin, quinidin, dihydroquinin, dihydroquinidin, strychnin, brucin, veratrin, cevadin
• Nhóm isoquinolin: Các ancaloit gốc thuốc phiện như morphin, codein, thebain, papaverin, narcotin, sanguinarin, narcein, hydrastin, berberin.
• Nhóm phenethylamin: mescalin, ephedrin, dopamin, amphetamin
• Nhóm indol:
  • Các tryptamin: DMT, N-metyltryptamin, psilocybin, serotonin
  • Các ergolin: Các ancaloit từ cựa ngũ cốc/cỏ như ergin, ergotamin, axít lysergic v.v
  • Các beta-cacbolin: harmin, harmalin, yohimbin, reserpin, emetin
  • Các ancaloit từ chi Ba gạc (Rauwolfia): reserpin
• Nhóm purin:
  • Các xanthin: caffein, theobromin, theophyllin
• Nhóm terpenoit:
  • Các ancaloit aconit: aconitin
  • Các steroit: solanin, samandari (các hợp chất amoni bậc bốn): muscarin, cholin, neurin
• Các ancaloit từ dừa cạn (chi Vinca) và các họ hàng của nó: vinblastin, vincristin. Chúng là các chất chống ung thư và liên kết các nhị trùng (dime) tubulin tự do, vì thế phá vỡ cân bằng giữa trùng hợp (polyme hóa) và phản trùng hợp vi quản, tạo ra sự kìm hãm các tế bào trong pha giữa của quá trình phân bào.